All'interno di una polpa asprigna sono racchiusi numerosi semi ovali e piatti, a forma di mandorla, di colore bruno-violaceo, disposti in cinque file, contenenti zuccheri, grassi, albuminoidi, alcaloidi e coloranti. Tra questi alcaloidi, i più importanti sono la teobromina e la caffeina (contenuta in quantità ridotta): il primo è un euforizzante mentre il secondo è un eccitante; grosse quantità di cacao possono infatti indurre una dipendenza fisiologica. La teobromina ha inoltre effetti diuretici: era infatti adoperata come diuretico in casi di scompenso cardiaco, finché non è stata rimpiazzata da farmaci più efficaci. Fra le sottospecie troviamo:

il Cacao criollo (Theobroma cacao) viene definito anche cacao nobile;

il Cacao forastero Theobroma cacao sphaerocarpum o cacao di consumo;

Cacao trinitario (ibrido dei primi due).

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