Vi è relativamente poca biodiversità in Antartide, rispetto alla gran parte del resto del mondo. Oltre mille specie di funghi sono stati trovati attorno all'ecozona antartica, le maggiori limitate alle isole sub-antartiche ma la maggior parte di origini terrestri. Le piante sono altrettanto limitate per lo più alle isole e al bordo occidentale della penisola; alcuni muschi e licheni tuttavia si possono trovare anche in ambiente asciutto. Una notevole varietà di alghe possono essere rinvenute in giro per l'Antartide, soprattutto fitoplancton, che sono alla base di molte delle catene alimentari del continente bianco. L'attività umana ha causato l'introduzione di alcune specie naturalizzate, che hanno presto preso piede nella zona, minacciando la fauna selvatica. Una storica abitudine di sovrapesca e la caccia ha lasciato molte specie con numeri assai ridotti, fino al punto d'esser considerate specie a rischio d'estinzione. L'inquinamento, la distruzione degli habitat naturali, ed il cambiamento climatico pongono in atto gravi rischi per l'ambiente. Il Trattato Antartico è un accordo internazionale che mira a preservare l'Antartide come luogo di ricerca, venendo in tal maniera utilizzate misure per regolamentare l'attività umana nell'intero territorio antartico (vedi trasporti in Antartide e basi scientifiche in Antartide).

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