La tolleranza immunologica è la mancata responsività dei linfociti nei confronti di un antigene. Un individuo in condizioni normali è tollerante verso i propri antigeni, fenomeno noto come tolleranza verso il self, che costituisce una proprietà fondamentale del sistema immunitario. Questo è possibile perché i linfociti che riconoscono tramite il proprio recettore per l'antigene un antigene self vengono inattivati, subiscono modificazioni nella loro specificità o muoiono per apoptosi. La possibilità che un clone linfocitario riconosca un antigene self è reale poiché i processi di ricombinazione somatica che sono alla base della diversificazione e della specificità dei recettori per gli antigeni dei linfociti sono casuali, non sono influenzati dalla presenza di antigeni e agiscono su una serie di geni che sono fondamentalmente identici in tutti gli individui. Se non esistesse il fenomeno della tolleranza immunologica un clone linfocitario con specificità verso un antigene self potrebbe scatenare una risposta immunitaria contro quell'antigene provocando un danno tissutale e mettendo a rischio la salute dell'individuo.

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