Le teorie alternative più diffuse imputano la sua morte non a un tumore allo stomaco, come risultò dall'autopsia (lo stesso padre di Napoleone, Carlo Maria Bonaparte, sarebbe rimasto vittima del medesimo male), bensì ad un avvelenamento per arsenico. In realtà lo stesso Napoleone era convinto che a provocare i mali che lo portarono alla morte fu lo stesso male che uccise il padre. Così assicurò al suo ultimo medico, il còrso Francesco Antommarchi, raccomandandogli alla sua morte di eseguire l'autopsia sul piloro; la sua speranza era quella di prevenire che quel male uccidesse anche il figlio. Analisi più recenti sulla rivista Science et Vie mostrarono tuttavia che una simile concentrazione di arsenico era presente in campioni di capelli di Napoleone presi nel 1805, 1814 e 1821. L'investigatore incaricato (Ivan Ricordel, responsabile di tossicologia della Polizia di Parigi), stabilì che se l'arsenico fosse stata la causa della morte, sarebbe dovuto morire anni prima. L'arsenico era del resto usato in molte carte da parati (per il colore verde) e spesso in qualche medicina, sicché il gruppo sostenne che facilmente la fonte poteva essere qualche lozione per i capelli.

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